上海市虹口区人民检察院按照法律规定和业务分工设置内部机构，承担职务犯罪侦查、审查逮捕、审查起诉、诉讼监督及检察队伍建设、检务保障等工作。截至2014年12月，共有在编内设机构19个。
1办公室
组织协调落实院党组、检察长办公会议及院领导对本院检察工作的部署和指示，掌握本院开展检察工作的情况；负责承办和管理情况信息、秘书事务、机要文电、档案管理及本院机关办公秩序和日常值班及保密等工作；负责本院宣传工作，组织本院有关检察工作的新闻报道。
2政治部
负责本院队伍建设，组织开展具有检察特点的思想政治工作；协同地方同级党委做好本院各级领导班子的考核、配备及后备干部队伍的选拔、培养、考察工作，按干部管理权限办理任免事项及奖励事项；与地方人事部门共同管理本院机构设置、人员编制，做好本院人员调配、工资福利及退(离)休干部的管理工作;制订检察干部岗位培训计划，协同上级机关做好检察干部的培训。
3行政装备科
负责本院技术装备、交通工具、服装等物资的管理以及财务、通讯、房产、基建、固定资产的管理。
4监察科
受理对检察机关和检察人员违法违纪行为的举报和控告，并依纪依规进行查处等工作。
5侦查监督科
承办对公安机关、国家安全机关提请批准逮捕的案件审查批准是否逮捕，对公安机关、国家安全机关提请延长侦查羁押期限的案件审查决定是否延长，对公安机关应当立案侦查而不立案、不应当立案侦查而立案以及侦查活动是否合法实行监督等工作。
6公诉科
承办对侦查机关或者人民检察院侦查部门侦查终结移送审查起诉或不起诉的案件审查决定是否提起公诉或者不起诉；出席法庭支持公诉；对侦查活动和刑事审判活动是否合法进行监督；对确有错误的刑事判决、裁定依法提出抗诉等工作。
7未成年人案件刑事检察科
对未成年人刑事案件（包括未成年人犯罪案件和未成年人与成年人共同犯罪案件）依法审查逮捕、审查起诉和出庭公诉；结合办案开展相关诉讼监督活动和犯罪预防工作。
8航运（金融）检察科
按照管辖范围，办理航运、金融案件的审查批捕、审查起诉和法律监督；负责对航运、金融类案件的研究分析，并开展犯罪预防工作。
9反贪污贿赂局
承办对国家工作人员的贪污、贿赂等职务犯罪案件进行立案侦查等工作。
10反渎职侵权局
承办对国家机关工作人员的渎职侵权犯罪案件进行立案侦查等工作。
11预防职务犯罪检察科
研究职务犯罪的特点、规律和发生的原因，提出预防犯罪的基本对策和具体措施；加强与有关部门和单位的联系，推动全社会职务犯罪预防工作；结合查办职务犯罪案件，依靠党政组织，总结经验教训，堵漏建制，加强防范；管理行贿犯罪档案查询系统，受理社会查询。
12监所检察科
对刑罚执行和监管活动实行监督；查办和预防刑罚执行和监管活动中的职务犯罪；承担罪犯又犯罪案件的审查逮捕、审查起诉工作；受理被监管人及其近亲属、法定代理人的控告、举报、申诉等工作，办理羁押必要性审查案件。
13民事行政诉讼检察科
对人民法院生效的民事行政判决、裁定，民事调解书，民事执行活动中的违法情形，以及民事审判程序中审判人员违法行为，进行法律监督。
14社区检察科
负责对公安派出所刑事执法活动进行监督；对非监禁刑罚执行（社区矫正）活动进行监督；受理社区群众举报、控告、申诉、咨询；参与社会治安综合治理。
15控告申诉检察科（含举报中心）
统一受理报案、控告和举报，接受犯罪嫌疑人的自首；受理不服人民检察院不批准逮捕、不起诉、撤销案件及其他处理决定的申诉；受理不服人民法院已经发生法律效力的刑事判决、裁定的申诉；受理由人民检察院办理的国家赔偿案件；开展检察环节司法救助工作等。
16法律政策研究室
负责对本院执行法律、法规、政策情况的调查研究和疑难复杂案件的研究，并向领导和有关业务部门提出意见和建议；组织本院调研工作，并承担涉及政策、法律新情况、新问题的课题调研；负责本院检察委员会的日常工作。
17案件管理科
负责案件的统一受理、流转以及律师阅卷接待和网上律师预约平台管理工作等；负责本院办案流程的监控以及涉案物品的监管工作；负责本院检察业务统计、数据信息汇总分析和案件质量评查工作；负责本院检察业务综合信息管理平台工作。
18检察技术科
负责本院计算机系统和网络运行的功能开发、应用、维护、管理及工作协调以及本院各类信息数据的采集、储存及查询，承办直接受理的检验、鉴定和收集视听资料工作。
19司法警察大队
协助保障自侦部门办案；维护涉检信访秩序；送达有关法律文书；维护机关安全。